Googleウェブマスターツールの内部リンクと
外部リンクのカテゴリー分けが変更になりました。
変更点は、

1、サブドメインからのリンクが外部リンク扱いだったのが、
新しいカテゴリー分けでは、内部リンクに

2、wwwが付いているかいないかで別ドメイン扱い、
つまり外部リンク扱いだったのが、新しいカテゴリー分けでは、
内部リンクに

なった点です。しかし、Googleウェブマスターツールに
http://example.com や http://www.example.com といった
元になるドメインを登録していない場合には、
今までと同じように登録ドメイン以外は、
外部ドメインとしてカテゴリー分けされます。

これは、サブドメイン、サブディレクトリでスペースを
作れる無料ブログサービスなどを使用した際に、
他のユーザーのブログからのリンクも全て内部リンクと
いうことになってしまうからです。

つまり、今回のGoogleウェブマスターツールの
カテゴリー分けの変更は、使用するユーザーが
より実情に近い形でリンクを把握するための変更と
言えます。

今回のアップデートで http://example.com や
http://www.example.com といった元になるドメインの
外部リンク数が少なく表示される可能性がありますが、
リンクの合計数(内部リンク+外部リンク)は影響を受けません。

ブログアフィリエイト、サイトアフィリエイトでSEOを
実践している方であれば、検索アルゴリズムへの影響が
気になるところかも知れません。

しかし、良く読んで頂ければ分かるように、今回のアップデートは
Googleウェブマスターツールの仕様変更であって、
検索アルゴリズムに変更はありません。